Biomedical Paper Writing Skill

Produces publication-ready English biomedical manuscripts (or Chinese theses) from drafts using python-docx.

核心工作流（必读）

Phase 1: 接收与分析

1. 1. 用户提供中文草稿/大纲 → 确认论文类型（见下）
2. 识别所有数据（统计值、样本量、引用编号）
3. 立即执行引用预验证：将参考文献列表中的每一条与PubMed核对，标记无法验证的条目
4. 如有引用缺失/无法验证 → 先补充验证，再生成正文

Phase 2: 生成正文

1. 5. 按论文类型套用标准结构模板（见本文档各类型模板）
2. 所有统计数据（β/OR/RR/AAPC/95%CI/p值）必须原文照录，不得编造
3. 引用编号全程追踪：记录"引用编号映射表"（见下方规范）

Phase 3: 生成参考文献

1. 8. 按 Vancouver 格式逐条生成引用（见"引用生成规范"）
2. 引用编号以正文中的实际使用为准，不沿用草稿中的旧编号
3. 参考文献单独存 docx，并附加"引用编号映射表"说明文件

论文类型与模板

Type 1: GBD 流行病学（疾病负担趋势分析）

• - 模板文献: SIICI (Neuroblastoma Asia, GBD 2023)
• 数据: GBD database (ghdx.healthdata.org)
• 方法: Joinpoint Regression, EAPC/AAPC, ASIR/ASMR/DALYs
• 关键词: Neuroblastoma; Neonate; Disease burden; Incidence; Mortality; DALYs; Asia
• 表格: 4张（按地区/SDI/性别/年龄分层）
• 图片: 5张（趋势线、choropleth地图）
• 伦理: GBD IRB豁免（University of Washington）
• 必须注明: ICD-10 和 ICD-9 代码

Type 2: 队列 / 登记数据库分析

• - 模板文献: CHARLS (Social participation & diabetes)
• 数据: CHARLS, NHANES, MIMIC, SEER, FAERS 等
• 方法: K-means聚类, logistic/linear回归, Cox比例风险, 亚组分析
• 关键词: social participation; [disease]; incidence; [database]; K-means; mediation analysis
• 表格: 4–13张（描述性统计、聚类轮廓、回归结果、亚组分析）
• 图片: 5–17张（ROC曲线、K-M曲线、聚类轮廓、趋势图）
• 伦理: 豁免IRB（去标识数据）

Type 3: 交叉横断面 / 中介分析

• - 模板文献: GBS (Phthalates, SII, cognitive function)
• 数据: NHANES, 横断面调查
• 方法: Linear/logistic回归 + 中介分析（bootstrap N=1000）
• 关键词: phthalates; systemic inflammation; Systemic Immune-Inflammation Index; cognitive function; older adults; mediation
• 表格: 4张（人口学特征、回归β+95%CI、中介分解）
• 关键指标: SII = 血小板×中性粒细胞/淋巴细胞; SIRI = 中性粒细胞×单核细胞/淋巴细胞

Type 4: 学位论文（中文，硕士/博士）

• - 语种: 中文（正文）+ 英文摘要
• 格式要求: 依各院校研究生院规范；正文宋体小四，英文Times New Roman 12pt
• 章节结构: 前言 → 资料与方法 → 结果 → 讨论 → 结论 → 参考文献
• 引用格式: 顺序编码制（与期刊Vancouver相同格式）
• 字数要求: 硕士论文 ≥3万字，博士论文 ≥5万字（各校标准）
• 核心规范: 不可有占位符（如"[此处补充数据]"）；表格内数据须与正文一致

引用预验证工作流（最关键环节）

操作步骤

引用编号映射表（每次必须生成）

⚠️ 重要教训：PRISm大论文（2026-03-22）中，草稿含虚构引用（#14等），导致引用需全面重编。以后所有任务必须先验证再使用，任何无法PubMed查证的引用必须替换。

标准摘要格式（所有类型通用）

CODEBLOCK2

• - 字数: 250–350词
• 摘要内不使用小标题（无"Background:", "Methods:"等）

标准前言格式（4段递进结构）

CODEBLOCK3

标准方法格式

GBD 方法

队列 / 登记数据库方法

交叉横断面中介方法

本研究为横断面研究，分析[数据库，年份范围]中[N]名[年龄范围]参与者的数据。
[暴露变量]的测量方式/定义：[详述]。
[中介变量]采用[公式/检测方法]评估。
[结局]采用[量表/测试]评估。
关联性采用[linear/logistic]回归分析，调整[协变量]。
中介分析采用[Hayes PROCESS宏/bootstrap方法]，bootstrap样本数[N]。

标准结果格式

CODEBLOCK7

统计报告规范（严格遵守）

• - 格式: OR=0.77 (95% CI: 0.65–0.91, P=0.002) 或 INLINECODE1
• P值保留3位小数（不是"P < 0.05"，而是"P=0.043"）
• 样本量: INLINECODE2
• 禁止使用占位符如 [此处数据] 或 INLINECODE4

标准讨论格式（5个子节）

1. 主要发现

2. 机制解读

3. 与其他研究比较

4. 局限性（≥4条，学位论文要求≥5条）

5. 结论

综上所述，[主要发现]。[机制/通路意义]。本研究结果为[目标人群的针对性预防/临床建议/政策制定]提供了[循证依据]。

引用生成规范

格式要求（Vancouver，悬挂缩进）

编号. 作者A, 作者B, 作者C, 等. 标题. 期刊缩写. 年份;卷(期):页码. doi:XXXXX

• - 作者姓，名首字母（无点），最多作者显示至第3位后加", et al."
• 期刊名用标准缩写（参考 PubMed Journal List）
• 含 DOI 时必须附 DOI
• 悬挂缩进: 0.35英寸
• 字体: Times New Roman 10pt
• 段后距: 6pt

python-docx 悬挂缩进实现

from docx import Document
from docx.shared import Pt, Inches
from docx.oxml.ns import qn

def add_reference(doc, number, text):
    p = doc.add_paragraph()
    p.paragraph_format.first_line_indent = Inches(-0.35)
    p.paragraph_format.left_indent = Inches(0.35)
    p.paragraph_format.space_after = Pt(6)
    run = p.add_run(f'{number}. {text}')
    run.font.name = 'Times New Roman'
    run._element.rPr.rFonts.set(qn('w:eastAsia'), 'Times New Roman')
    run.font.size = Pt(10)

docx XML 操作规范（进阶）

以下是文档内部操作的硬核规范，修改现有docx时必须遵守。

字体替换（完整遍历run）

段落删除

段落插入（指定位置）

从后往前插入（避免索引偏移）

段落属性设置

from docx.oxml.ns import qn

p_elem = para._element
pPr = p_elem.get_or_add_pPr()
spacing = OxmlElement('w:spacing')
spacing.set(qn('w:line'), '360')    # 1.5行距 (360=单倍*240)
spacing.set(qn('w:lineRule'), 'auto')
spacing.set(qn('w:after'), '200')   # 段后间距
pPr.append(spacing)

学位论文专门规范（Type 4）

排版要求

项目	要求
正文字体	宋体小四（12pt）
英文/数字

Times New Roman 12pt |

章节扩充工作流（扩充+30%等比例要求）

引用编号映射（学位论文特有问题）

• - 插入新引用 → 后续所有编号+1
• 删除引用 → 后续所有编号-1
• 必须同步更新：正文引用、全文交叉引用、参考文献列表
• 生成文件命名：ch8_references_最终版.docx = 每次修订后的最终版本

质量检查清单（每次提交前必查）

引用验证（最高优先级）

• - [ ] 所有引用均可 PubMed 查证（含 PMID 或可验证期刊页码）
• [ ] 虚构引用已全部替换为真实文献
• [ ] 引用编号映射表已生成并保存
• [ ] 正文引用编号与参考文献列表完全对应

数据真实性

• - [ ] 所有 AAPC/EAPC/β/OR/RR/95%CI/p 值原文照录
• [ ] 无任何占位符（[待补充]、[此处数据]等）
• [ ] 表格数据与正文数据完全一致

格式

• - [ ] 摘要 ≤350 词，无小标题
• [ ] 前言 4 段（或各校规定段数）
• [ ] 讨论 ≥5 条局限性（学位论文）
• [ ] 参考文献：Vancouver，悬挂缩进0.35"，Times New Roman 10pt
• [ ] 图表编号连续（Table 1, Table 2...; Figure 1, Figure 2...）

学位论文额外检查

• - [ ] 全文无中英混排标点错误
• [ ] 目录结构符合学校研究生院规范
• [ ] 字数满足学校要求（硕士≥3万字，博士≥5万字）
• [ ] 中英文摘要完整（含研究目的、方法、主要结果、结论）

常见修订模式

Python Docx 生成模板（完整版）

CODEBLOCK21

输出文件命名规范

CODEBLOCK22

关键规则（永久有效）