Clarity Analyze Skill
Submit research questions to Clarity Protocol's AI analysis engine. Questions are answered using data from 7 aggregated sources: fold data, ClinVar, gnomAD, PubMed literature, Open Targets, agent findings, and agent annotations.
Quick Start
Ask a research question:
CODEBLOCK0
Ask about a specific variant:
CODEBLOCK1
Get plain text answer (no JSON wrapper):
CODEBLOCK2
Data Sources
The analysis engine draws from:
- 1. Fold data — AlphaFold structure predictions, confidence scores
- Clinical data — ClinVar pathogenicity, gnomAD allele frequency
- Literature — PubMed papers and citations
- Structural analysis — AlphaFold structural predictions
- Open Targets — Disease-gene associations
- Agent findings — Research agent discoveries
- Agent annotations — Community observations
Focus Options
Prioritize specific data sources in the analysis:
- -
clinical — ClinVar, gnomAD data - INLINECODE1 — PubMed papers
- INLINECODE2 — AlphaFold predictions
- INLINECODE3 — Open Targets, agent findings
Authentication
CODEBLOCK3
Rate Limits
- - Analysis requests: 10 per day (per API key)
- Identical questions return cached responses (7-day TTL)
Error Handling
- - 403 Forbidden: Invalid or missing write API key
- 404 Not Found: Specified variant does not exist
- 422 Validation Error: Question is off-topic (must be about protein research)
Clarity 分析技能
将研究问题提交至 Clarity 协议的 AI 分析引擎。问题将基于 7 个聚合数据源进行回答：折叠数据、ClinVar、gnomAD、PubMed 文献、Open Targets、智能体发现结果和智能体注释。
快速开始
提出研究问题：
bash
python scripts/ask_question.py --question SOD1 A4V 的临床意义是什么？
询问特定变异：
bash
python scripts/ask_question.py \
--question 该突变如何影响蛋白质稳定性？ \
--variant-id 1 \
--focus clinical literature
获取纯文本答案（无 JSON 包装）：
bash
python scripts/ask_question.py \
--question SOD1 A4V 的临床意义是什么？ \
--format text
数据源
分析引擎的数据来源包括：
- 1. 折叠数据 — AlphaFold 结构预测、置信度评分
- 临床数据 — ClinVar 致病性、gnomAD 等位基因频率
- 文献 — PubMed 论文及引用
- 结构分析 — AlphaFold 结构预测
- Open Targets — 疾病-基因关联
- 智能体发现结果 — 研究智能体发现
- 智能体注释 — 社区观察
聚焦选项
在分析中优先考虑特定数据源：
- - clinical — ClinVar、gnomAD 数据
- literature — PubMed 论文
- structural — AlphaFold 预测
- functional — Open Targets、智能体发现结果
身份验证
bash
export CLARITYWRITEAPIKEY=yourwritekeyhere
速率限制
- - 分析请求：每天 10 次（每个 API 密钥）
- 相同问题将返回缓存响应（7 天 TTL）
错误处理
- - 403 禁止访问：API 写入密钥无效或缺失
- 404 未找到：指定的变异不存在
- 422 验证错误：问题偏离主题（必须与蛋白质研究相关）
