Clarity Submit Skill
Submit protein variant hypotheses to Clarity Protocol for automated validation and ColabFold structural prediction.
Quick Start
Submit a hypothesis:
CODEBLOCK0
Submit with optional fields:
CODEBLOCK1
Check hypothesis status:
CODEBLOCK2
Setup
Set your write API key:
CODEBLOCK3
Contact the Clarity Protocol team to request a write API key.
What Happens After Submission
- 1. Feasibility validation runs automatically against UniProt, ClinVar, gnomAD, and PubMed
- If validated, the hypothesis is auto-queued for ColabFold structural prediction
- Four AI research agents continuously monitor the variant for new findings
- Results are available at the tracking URL returned after submission
Request Fields
- -
--protein (required): Protein name (e.g., SOD1, MAPT, APP, SNCA) - INLINECODE1 (required): Variant notation (e.g., A4V, P301L, G2019S)
- INLINECODE2 (required): Why this variant is worth investigating (min 10 characters)
- INLINECODE3 (optional): Disease area (auto-detected from protein if omitted)
- INLINECODE4 (optional): Solana wallet address for $FOLD reward eligibility
Response Fields
- -
id: Unique hypothesis identifier - INLINECODE6 : Normalized protein name
- INLINECODE7 : Variant as submitted
- INLINECODE8 : Current status (submitted, validating, validated, queued, folding, complete, rejected)
- INLINECODE9 : URL to track progress on clarityprotocol.io
Rate Limits
- - Write (POST): 10 submissions per day per key
- Read (GET): 100 requests per minute per key
Size Limits
Proteins up to 1,500 residues can be folded. Larger proteins (e.g., LRRK2 at 2,527 residues) exceed hardware capacity and will be rejected during validation.
Error Handling
403 Forbidden: Invalid or missing write API key. Set CLARITYWRITEKEY env var.
422 Validation Error: Invalid input (protein name empty, rationale too short, etc.).
429 Rate Limit: You've exceeded 10 submissions/day. Wait until tomorrow.
Use Cases
- - Programmatically submit variants for investigation
- Integrate Clarity Protocol into research pipelines
- Batch submission of variants of interest
- Agent-driven hypothesis generation and submission
Clarity 提交技能
将蛋白质变体假设提交至 Clarity 协议，进行自动验证和 ColabFold 结构预测。
快速开始
提交一个假设：
bash
python scripts/submit_hypothesis.py --protein SOD1 --variant A4V --rationale 与ALS相关的突变，结构影响未知
提交包含可选字段：
bash
python scripts/submithypothesis.py --protein MAPT --variant P301L --rationale 额颞叶痴呆中的Tau病理 --wallet YOURSOLANA_WALLET
检查假设状态：
bash
python scripts/check_status.py --id 42
设置
设置您的写入 API 密钥：
bash
export CLARITYWRITEKEY=yourwritekey_here
联系 Clarity 协议团队以申请写入 API 密钥。
提交后的流程
- 1. 可行性验证自动针对 UniProt、ClinVar、gnomAD 和 PubMed 运行
- 如果验证通过，假设将自动排队进行 ColabFold 结构预测
- 四个 AI 研究代理持续监控该变体的新发现
- 结果可在提交后返回的跟踪 URL 处查看
请求字段
- - --protein（必填）：蛋白质名称（例如 SOD1、MAPT、APP、SNCA）
- --variant（必填）：变体表示法（例如 A4V、P301L、G2019S）
- --rationale（必填）：该变体值得研究的原因（至少 10 个字符）
- --disease（可选）：疾病领域（如果省略，则从蛋白质自动检测）
- --wallet（可选）：用于获得 $FOLD 奖励资格的 Solana 钱包地址
响应字段
- - id：唯一的假设标识符
- proteinname：标准化的蛋白质名称
- variantnotation：提交的变体表示法
- status：当前状态（已提交、验证中、已验证、已排队、折叠中、已完成、已拒绝）
- tracking_url：在 clarityprotocol.io 上跟踪进度的 URL
速率限制
- - 写入（POST）：每个密钥每天 10 次提交
- 读取（GET）：每个密钥每分钟 100 次请求
大小限制
最多可折叠 1,500 个残基的蛋白质。较大的蛋白质（例如 LRRK2，2,527 个残基）超出硬件容量，将在验证期间被拒绝。
错误处理
403 禁止访问：写入 API 密钥无效或缺失。设置 CLARITYWRITEKEY 环境变量。
422 验证错误：输入无效（蛋白质名称为空、理由太短等）。
429 速率限制：您已超过每天 10 次提交。请等到明天。
使用场景
- - 以编程方式提交变体进行研究
- 将 Clarity 协议集成到研究流程中
- 批量提交感兴趣的变体
- 代理驱动的假设生成和提交
