Mouse Colony Planner

Calculate timelines and cage numbers required for transgenic mouse breeding to optimize breeding costs.

Functions

- Timeline Calculation: Calculate time required for each stage based on breeding scheme
Cage Planning: Estimate cage numbers needed for experiments
Cost Estimation: Calculate total breeding costs (cage fees, husbandry fees, genotyping fees, etc.)

Usage

Command Line

CODEBLOCK0

Parameters

Parameter	Description	Default
INLINECODE0	Breeding scheme: `heterozygote`, `homozygote`, INLINECODE3	Required
INLINECODE4

Breeding Scheme Descriptions

1. heterozygote (Heterozygote breeding): Heterozygote x Wild type → 50% Heterozygotes
homozygote (Homozygote breeding): Heterozygote x Heterozygote → 25% Homozygotes
conditional (Conditional knockout): Requires two-step breeding, introducing Cre/loxp system

Examples

CODEBLOCK1

Output

- Timeline for each stage
Cage numbers required at each stage
Estimated total cost
Breeding flowchart

Risk Assessment

Risk Indicator	Assessment	Level
Code Execution	Python/R scripts executed locally	Medium
Network Access

Security Checklist

- [ ] No hardcoded credentials or API keys
[ ] No unauthorized file system access (../)
[ ] Output does not expose sensitive information
[ ] Prompt injection protections in place
[ ] Input file paths validated (no ../ traversal)
[ ] Output directory restricted to workspace
[ ] Script execution in sandboxed environment
[ ] Error messages sanitized (no stack traces exposed)
[ ] Dependencies audited

Prerequisites

CODEBLOCK2

Evaluation Criteria

Success Metrics

- [ ] Successfully executes main functionality
[ ] Output meets quality standards
[ ] Handles edge cases gracefully
[ ] Performance is acceptable

Test Cases

1. Basic Functionality: Standard input → Expected output
Edge Case: Invalid input → Graceful error handling
Performance: Large dataset → Acceptable processing time

Lifecycle Status

- Current Stage: Draft
Next Review Date: 2026-03-06
Known Issues: None
Planned Improvements:

- Performance optimization - Additional feature support

小鼠群体规划器

计算转基因小鼠繁殖所需的时间线和笼位数，以优化繁殖成本。

功能

- 时间线计算：根据繁殖方案计算各阶段所需时间
笼位规划：估算实验所需笼位数
成本估算：计算总繁殖成本（笼位费、饲养费、基因分型费等）

使用方法

命令行

bash
python scripts/main.py --scheme <繁殖方案> --females <雌鼠数量> --males <雄鼠数量> [选项]

参数

参数	说明	默认值
--scheme	繁殖方案：heterozygote（杂合子）、homozygote（纯合子）、conditional（条件性）	必填
--females

繁殖方案说明

1. heterozygote（杂合子繁殖）：杂合子 × 野生型 → 50% 杂合子
homozygote（纯合子繁殖）：杂合子 × 杂合子 → 25% 纯合子
conditional（条件性基因敲除）：需要两步繁殖，引入Cre/loxp系统

示例

bash

杂合子繁殖方案，起始10只雌鼠和5只雄鼠，目标获得10只杂合子后代

python scripts/main.py --scheme heterozygote --females 10 --males 5 --target-pups 10

纯合子繁殖，自定义周期参数

python scripts/main.py --scheme homozygote --females 20 --males 10 --target-pups 20 --gestation 21 --weaning 21

条件性基因敲除方案

python scripts/main.py --scheme conditional --females 15 --males 15 --target-pups 15

输出

- 各阶段时间线
各阶段所需笼位数
估算总成本
繁殖流程图

风险评估

风险指标	评估	等级
代码执行	Python/R脚本在本地执行	中
网络访问

安全检查清单

- [ ] 无硬编码凭据或API密钥
[ ] 无未授权文件系统访问（../）
[ ] 输出不泄露敏感信息
[ ] 已实施提示注入防护
[ ] 输入文件路径已验证（无../遍历）
[ ] 输出目录限制在工作区
[ ] 脚本在沙盒环境中执行
[ ] 错误消息已清理（不暴露堆栈跟踪）
[ ] 依赖项已审计

前置条件

bash

Python依赖

pip install -r requirements.txt

评估标准

成功指标

- [ ] 成功执行主要功能
[ ] 输出符合质量标准
[ ] 优雅处理边界情况
[ ] 性能可接受

测试用例

1. 基本功能：标准输入 → 预期输出
边界情况：无效输入 → 优雅错误处理
性能：大数据集 → 可接受处理时间

生命周期状态

- 当前阶段：草案
下次审核日期：2026-03-06
已知问题：无
计划改进：

- 性能优化 - 增加额外功能支持

mouse-colony-planner小鼠繁殖规划