NCBI 搜索

NCBI多数据库智能检索工具，使用官方E-Utilities API。免费、可靠、无外部依赖。

支持的数据库

数据库	用途	触发关键词
pubmed	文献检索	paper, article, review, 研究, 论文, 文献, 发表
gene

基因信息 | gene, 基因, symbol, 编码 | | protein | 蛋白质序列 | protein, 蛋白, amino acid, 序列 | | nucleotide | 核酸序列 | sequence, DNA, RNA, 序列, 基因组 | | snp | SNP变异 | SNP, variant, 变异, 多态性 | | clinvar | 临床变异 | clinvar, clinical variant, 致病突变 | | taxonomy | 物种分类 | species, 物种, taxonomy, 分类 | | biosample | 生物样本 | biosample, 样本 | | assembly | 基因组组装 | genome assembly, 基因组组装 | | sra | 测序数据 | SRA, sequencing, 测序数据 |

智能意图识别

技能会自动判断用户搜索意图：

论文检索（PubMed）

触发条件：查询包含论文相关关键词，或没有明确数据库指向

阿尔茨海默病机制 → PubMed
糖尿病最新综述 → PubMed
Smith作者癌症论文 → PubMed

基因检索

触发条件：基因符号、基因相关关键词

APOE基因 → Gene
BRCA1功能 → Gene
TP53人类 → Gene

蛋白质检索

触发条件：蛋白质相关关键词

胰岛素蛋白质序列 → Protein
p53蛋白 → Protein

变异检索

触发条件：变异相关关键词

rs12345 SNP → dbSNP
BRCA1致病性变异 → ClinVar

使用方式

自动模式（推荐）

bash

自动判断搜索意图

python ~/.agents/skills/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py APOE基因
python ~/.agents/skills/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py 阿尔茨海默病综述
python ~/.agents/skills/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py 胰岛素蛋白

指定数据库

bash

明确指定数据库

python ~/.agents/skills/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py APOE --db gene
python ~/.agents/skill/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py 糖尿病 --db pubmed
python ~/.agents/skills/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py rs429358 --db snp

高级选项

bash

PubMed 限定年份

python ~/.agents/skills/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py 阿尔茨海默 --years 5

限定文章类型

python ~/.agents/skills/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py 糖尿病 --type review

限定物种（基因检索）

python ~/.agents/skills/ncbi-search/scripts/ncbi_search.py APOE --db gene --organism human

输出示例

PubMed 检索

======================================================================
PubMed 搜索结果
======================================================================
查询: APOE[Title/Abstract] AND Alzheimer Disease[MeSH]
总计: 400 篇文章 | 返回: 10 篇文章
======================================================================

[1] PMID: 33597265
标题: APOE immunotherapy reduces cerebral amyloid angiopathy...
作者: Xiong M, Jiang H, Serrano J 等
期刊: Science translational medicine (2021)
DOI: 10.1126/scitranslmed.abd7522
链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33597265/

---

Gene 检索

======================================================================
基因搜索结果
======================================================================
查询: APOE[Gene Name] AND human[Organism]
总计: 1 个基因 | 返回: 1 个基因
======================================================================

[1] 基因ID: 348
符号: APOE
名称: apolipoprotein E
物种: Homo sapiens (人类)
染色体: 19q13.32
摘要: 载脂蛋白E (APOE) 是一种参与...
链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/348

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dbSNP 检索

======================================================================
dbSNP 搜索结果
======================================================================
查询: rs429358
总计: 1 个变异 | 返回: 1 个变异
======================================================================

[1] rsID: rs429358
基因: APOE
等位基因: C/T
临床意义: 致病性 (阿尔茨海默病)
频率: T=0.14 (EUR)
链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs429358

---

API Key 配置

powershell

设置环境变量

[Environment]::SetEnvironmentVariable(NCBIAPIKEY, your-api-key, User)

方式	速率
无 API Key	3 次/秒
有 API Key

10 次/秒 |

与其他技能配合

任务	技能
基因详细信息	gene-database
蛋白质结构

AlphaFold | | 文献综述 | literature-review | | 引用管理 | citation-verifier |

文件结构

ncbi-search/
├── SKILL.md
├── scripts/
│ ├── ncbi_search.py # 主脚本（多数据库）
│ ├── pubmed_search.py # PubMed专用
│ └── ncbi_utils.py # 工具函数
└── references/
└── query_syntax.md

参考

• - E-Utilities 文档: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/
• 数据库列表: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/table/chapter.T5/

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技能状态: 就绪 API 要求: NCBI API Key (免费) 费用: 免费