模型详情
模型介绍
中文整理# Dayhoff 模型卡片
模型用途
Dayhoff 是一个蛋白质序列数据和生成式语言模型的集合体，旨在为蛋白质语言模型研究提供广泛支持。
## 主要能力
该模型具备以下核心能力：
- 无条件设计蛋白质序列
- 在 ProteinGym 上进行零样本突变效应预测
- 在序列空间中为结构基序设计支架（scaffold），支持 RFDiffusion 和 MotifBench 任务
- 同源序列条件生成（使用 Dayhoff-3b-GR-HM 和 Dayhoff-3b-GR-HM-c）
## 输入输出
- *输入：** 单个蛋白质序列或未对齐的多序列比对（MSA）
- *输出：** 生成的蛋白质序列或同源蛋白质序列集
运行要求
- *软件环境：**
- PyTorch 2.7.1
- CUDA 12.8 及以上版本
- mamba-ssm
- causal-conv1d
- flash-attn
- *硬件要求：**
- 1.7亿参数模型：8 张 NVIDIA A100 或 8 张 NVIDIA H100 GPU
- 30亿参数模型：176 张 NVIDIA H100 GPU
基本用法
推荐使用 uv 创建独立环境，安装 PyTorch 2.7.1 后，再安装 mamba-ssm、flash-attn、causal-conv1d 及其依赖项。可通过 HuggingFace 接口调用模型。
限制
- 仅限生成蛋白质序列或同源蛋白质序列集，不得用于自然语言或其他生物序列（如 DNA 序列）
- 不保证所有生成的序列均具有真实生物学活性
- 难以生成与任何天然序列均无同源性的高质量序列
许可证
MIT 许可证
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使用前须知
运行环境
运行模型需要的设备、工具与依赖，以原作者说明为准。
授权范围
是否允许商用、修改和分发，请查看模型许可证。
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