模型详情
模型介绍
中文整理# Dayhoff 模型卡片
模型用途
Dayhoff 是一个蛋白质序列数据和生成式语言模型的集合体，旨在为蛋白质语言模型研究提供广泛支持。该模型可用于无条件设计蛋白质序列、零样本预测突变对适应度的影响、在序列空间中为结构基序设计支架，以及进行同源物条件化生成。
## 主要能力
- 无条件设计蛋白质序列
- 在 ProteinGym 上进行零样本突变效应预测
- 在 RFDiffusion 和 MotifBench 上为序列空间中的结构基序设计支架
- 使用 Dayhoff-3b-GR-HM 和 Dayhoff-3b-GR-HM-c 进行同源物条件化
## 输入输出
- *输入：** 单个蛋白质序列或展开的多序列比对（MSA）
- *输出：** 生成的蛋白质序列、突变效应预测结果
运行要求
- *硬件要求：**
170M 参数模型：8 张 NVIDIA A100 或 8 张 NVIDIA H100 GPU
3B 参数模型：176 张 NVIDIA H100 GPU
- *软件依赖：**
PyTorch 2.7.1
CUDA 12.8 及以上版本
mamba-ssm
causal-conv1d
flash-attn
基本用法
最简单的方式是通过 HuggingFace 接口使用这些模型和数据集。需要安装 PyTorch、mamba-ssm、causal-conv1d 和 flash-attn。
限制
该模型仅应用于生成蛋白质序列或同源蛋白质序列集合，不得用于自然语言处理或其他生物序列（如 DNA 序列）。无法保证所有生成的序列都具有真实性。难以生成与任何天然序列没有序列同源性的高质量序列。
许可证
MIT 许可证
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你将获得什么
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使用前须知
运行环境
运行模型需要的设备、工具与依赖，以原作者说明为准。
授权范围
是否允许商用、修改和分发，请查看模型许可证。
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