模型介绍
中文整理# Dayhoff 模型卡片
## 概述
Dayhoff 是一个蛋白质序列数据与生成式语言模型的整合资源库。该项目汇集了来自宏基因组和天然蛋白质序列（GigaRef）的33.4亿条序列（涵盖17亿个聚类）、来自结构衍生的合成序列（BackboneRef）的4600万条序列，以及来自多重序列比对（OpenProteinSet）的1600万条比对数据。该模型可进行零样本突变效应预测、通过进化或结构上下文条件进行结构基序的骨架搭建，并在指定家族内引导生成新型蛋白质。
## 主要能力
- 无条件设计蛋白质序列
- 在ProteinGym上实现零样本突变效应预测
- 在RFDiffusion和MotifBench上基于序列空间设计结构基序的骨架
- 使用Dayhoff-3b-GR-HM和Dayhoff-3b-GR-HM-c进行同源物条件生成
## 输入输出
- **输入**：单个蛋白质序列或展开的多重序列比对（MSA）
- **输出**：蛋白质序列或同源蛋白质序列集
运行要求
- PyTorch 2.7.1
- CUDA 12.8及以上版本
- 依赖包：mamba-ssm、causal-conv1d、flash-attn
## 基础用法
最简单的使用方式是通过HuggingFace接口。建议使用uv创建干净环境，安装PyTorch 2.7.1后，再安装mamba-ssm、flash-attn、causal-conv1d及其依赖项。具体使用方法请参考模型仓库中的README文档。
限制
- 仅限生成蛋白质序列或同源蛋白质序列集
- 不可用于自然语言处理或其他生物序列（如DNA序列）
- 不保证所有生成的序列都真实可信
- 难以生成与任何天然序列均无同源性的高质量序列
许可证
MIT
## 开发者
Kevin K. Yang, Sarah Alamdari, Alex J. Lee, Kaeli Kaymak-Loveless, Samir Char, Garyk Brixi, Carles Domingo-Enrich, Chentong Wang, Suyue Lyu, Nicolo Fusi, Neil Tenenholtz, Ava P. Amini
优先采用原作者提供的中文模型卡片；仅有英文说明时由闲社AI翻译整理。重要参数、许可证和商用范围请以原文为准。
你将获得什么
完整仓库方式包含该固定版本中的权重、配置、分词器及说明文件；指定版本方式只下载所选文件或整组分片。多模态模型的投影文件、配置等依赖，请按作者说明配齐。
完整仓库可能包含多个权重格式，因此需要的磁盘空间可能大于单一格式的模型大小。下载文件不等于完成模型部署。
使用前须知
运行模型需要的设备、工具与依赖，以原作者说明为准。
是否允许商用、修改和分发，请查看模型许可证。
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