Model details
模型介绍
中文整理# Dayhoff 模型卡片
Model use case
Dayhoff 是一个蛋白质序列数据和生成式语言模型的整合资源库。该模型主要用于蛋白质语言模型的广泛研究应用。
## 主要能力
该模型具备以下核心能力：
- 蛋白质序列的无条件设计
- 在 ProteinGym 上进行零样本突变效应预测
- 在序列空间中为结构基序设计支架（scaffold），包括在 RFDiffusion 和 MotifBench 上的应用
- 同源物条件生成（使用 Dayhoff-3b-GR-HM 和 Dayhoff-3b-GR-HM-c）
## 输入输出
- *输入：** 单个蛋白质序列或未展开的多序列比对（MSA）
运行要求
- 170M 参数模型：8 张 NVIDIA A100 或 8 张 NVIDIA H100 GPU
- 3B 参数模型：176 张 NVIDIA H100 GPU
- PyTorch 2.7.1
- CUDA 12.8 及以上版本
- mamba-ssm
- causal-conv1d
- flash-attn
基本用法
推荐使用 uv 创建干净的虚拟环境，安装 PyTorch 2.7.1 后，再安装 mamba-ssm、flash-attn、causal-conv1d 及其依赖项。通过 HuggingFace 接口调用模型进行蛋白质生成。
限制
- 该模型仅应用于生成蛋白质序列或同源蛋白质序列，不得用于自然语言或其他生物序列（如 DNA 序列）
- 不保证所有生成的序列都真实可靠
- 难以生成与任何天然序列没有同源性的高质量序列
License
MIT 许可证
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