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Dayhoff-170M-UR90-HL-24000

microsoft/Dayhoff-170M-UR90-HL-24000

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Dayhoff 是一个蛋白质序列数据与生成式语言模型的整合平台。该平台汇集了33.4亿条蛋白质序列,涵盖17亿个宏基因组和自然蛋白质序列簇(GigaRef)、4600万条结构衍生的合成序列(BackboneRef)以及1600万条多序列比对(OpenProteinSet)。 通过进化或结构背景条件来搭建结构基序的支架 输入: 单序列或多序列比对(MSA)

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Model details

模型介绍

中文整理

# Dayhoff 模型卡片

## 用途

Dayhoff 是一个蛋白质序列数据与生成式语言模型的整合平台。该平台汇集了33.4亿条蛋白质序列,涵盖17亿个宏基因组和自然蛋白质序列簇(GigaRef)、4600万条结构衍生的合成序列(BackboneRef)以及1600万条多序列比对(OpenProteinSet)。

## 主要能力

  • 零样本预测突变对适应度的影响
  • 通过进化或结构背景条件来搭建结构基序的支架
  • 在指定家族内引导生成新型蛋白质
  • 无条件设计蛋白质序列
  • 在序列空间中为结构基序设计支架
  • 同源物条件生成

## 输入输出

  • *输入:** 单序列或多序列比对(MSA)
  • *输出:** 蛋白质序列或同源蛋白质序列集

运行要求

  • PyTorch 2.7.1
  • CUDA 12.8及以上版本
  • 依赖包:mamba-ssm、causal-conv1d、flash-attn
  • *计算资源:**
  • 1.7亿参数模型:8块NVIDIA A100或8块NVIDIA H100 GPU
  • 30亿参数模型:176块NVIDIA H100 GPU

基本用法

推荐使用uv创建干净环境,安装PyTorch 2.7.1后,再安装mamba-ssm、flash-attn、causal-conv1d及其依赖。通过HuggingFace接口导入模型进行使用。

限制

  • 仅限生成蛋白质序列或同源蛋白质序列
  • 不可用于自然语言或其他生物序列(如DNA序列)
  • 不保证所有生成的序列都真实可信
  • 难以生成与任何自然序列无同源性的高质量序列

License

MIT

优先采用原作者提供的中文模型卡片;仅有英文说明时由闲社AI翻译整理。重要参数、许可证和商用范围请以原文为准。

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