模型介绍
中文整理# Dayhoff 模型卡片
## 概述
Dayhoff 是一个蛋白质序列数据与生成式语言模型的整合资源库，整合了来自宏基因组和天然蛋白质序列（GigaRef，33.4亿条序列，17亿个聚类）、结构衍生合成序列（BackboneRef，4600万条）以及多序列比对（OpenProteinSet，1600万条）的数据。该模型可实现蛋白质适应度的零样本突变效应预测、通过进化或结构背景条件进行结构基序的支架设计，以及在指定家族内引导生成新型蛋白质。
## 主要能力
- 零样本预测突变对蛋白质适应度的影响
- 基于进化或结构背景对结构基序进行支架设计
- 在指定蛋白质家族内引导生成新型蛋白质
- 无条件设计蛋白质序列
- 使用 Dayhoff-3b-GR-HM 和 Dayhoff-3b-GR-HM-c 进行同源物条件生成
## 输入输出
- *输入：** 单序列或多序列比对（MSA）
- *输出：** 蛋白质序列或同源蛋白质序列集
运行要求
- PyTorch 2.7.1
- CUDA 12.8 及以上版本
- 依赖包：mamba-ssm、causal-conv1d、flash-attn
基本用法
推荐使用 uv 创建独立环境，安装 PyTorch 2.7.1 后，再安装 mamba-ssm、flash-attn、causal-conv1d 及其依赖项。可通过 HuggingFace 接口调用模型。
限制
- 仅限生成蛋白质序列或同源蛋白质序列
- 不可用于自然语言或其他生物序列（如 DNA 序列）
- 不保证所有生成的序列都真实可信
- 难以生成与天然序列无同源性的高质量序列
许可证
MIT
## 开发者
Kevin K. Yang, Sarah Alamdari, Alex J. Lee, Kaeli Kaymak-Loveless, Samir Char, Garyk Brixi, Carles Domingo-Enrich, Chentong Wang, Suyue Lyu, Nicolo Fusi, Neil Tenenholtz, Ava P. Amini
优先采用原作者提供的中文模型卡片；仅有英文说明时由闲社AI翻译整理。重要参数、许可证和商用范围请以原文为准。
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使用前须知
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