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Dayhoff-170M-UR90-HL-18000

microsoft/Dayhoff-170M-UR90-HL-18000

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Dayhoff 是一个蛋白质序列数据与生成式语言模型的整合资源库。该项目汇集了33.4亿个蛋白质序列,涵盖17亿个宏基因组和天然蛋白质序列聚类(GigaRef)、4600万个结构衍生的合成序列(BackboneRef)以及1600万个多序列比对(OpenProteinSet)。 基于进化或结构背景对结构基序进行支架设计 输入:单个蛋白质序列、展开的多序列比对(MSA)

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模型介绍

中文整理

# Dayhoff 模型卡片

模型概述

Dayhoff 是一个蛋白质序列数据与生成式语言模型的整合资源库。该项目汇集了33.4亿个蛋白质序列,涵盖17亿个宏基因组和天然蛋白质序列聚类(GigaRef)、4600万个结构衍生的合成序列(BackboneRef)以及1600万个多序列比对(OpenProteinSet)。

## 主要能力

  • 零样本预测突变对蛋白质适应度的影响
  • 基于进化或结构背景对结构基序进行支架设计
  • 在指定家族内引导生成新型蛋白质
  • 支持无条件蛋白质序列设计
  • 支持同源物条件生成

## 输入输出

  • **输入**:单个蛋白质序列、展开的多序列比对(MSA)
  • **输出**:蛋白质序列

运行要求

  • PyTorch 2.7.1
  • CUDA 12.8 或更高版本
  • 依赖包:mamba-ssm、causal-conv1d、flash-attn

基本用法

推荐使用 uv 创建独立环境并安装 PyTorch 2.7.1,然后安装 mamba-ssm、flash-attn、causal-conv1d 及其依赖项。可通过 HuggingFace 接口调用模型。

限制

  • 仅限生成蛋白质序列或同源蛋白质序列集
  • 不可用于自然语言或其他生物序列(如 DNA 序列)
  • 不保证所有生成的序列都真实可信
  • 难以生成与任何天然序列无同源性的高质量序列

License

MIT

## 开发者

Kevin K. Yang、Sarah Alamdari、Alex J. Lee、Kaeli Kaymak-Loveless、Samir Char、Garyk Brixi、Carles Domingo-Enrich、Chentong Wang、Suyue Lyu、Nicolo Fusi、Neil Tenenholtz、Ava P. Amini(微软)

优先采用原作者提供的中文模型卡片;仅有英文说明时由闲社AI翻译整理。重要参数、许可证和商用范围请以原文为准。

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